Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Общее знакомство со структурой GO :

• Поиск проводился по термину "Структуры Холидея (Holliday junction) "
• В процессе поиска использовался идентификатор GO:0009378
• Синонимов не было найдено.
• Данный белок обеспечивает разворачивания структур Холидея цепи ДНК.
• В документе указан один "родитель" со связью типа "is_a",(т.е. данный термин является составляющей родительского, в отличии от связи part_of, указывающей, что родителький термин включает дочерний, но дочерний входит в состав не только родительского); дочерних терминов нет.

Создание выборок белков с определенными функциями (поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS)

Протеом Saccharomyces cerevisiae .Результаты поиска в UniProt, 07.04.2006 г.

Количество белков Запрос Всего 7595 "(([uniprot-Organism:Saccharomyces*] & [uniprot-Organism:cerevisiae*]) | [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae*]) " С идентификаторами всех 3-х онтологий GO 3193 "((([uniprot-Organism:Saccharomyces*] & [uniprot-Organism:cerevisiae*]) | [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae*]) & ((([uniprot-DBxref:C:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:P:*]) > parent )) " В том числе мембранных белков 113 "((([uniprot-Organism:Saccharomyces*] & [uniprot-Organism:cerevisiae*]) | [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae*]) & ((([uniprot-DBxref:C:membrane*] & [uniprot-DBxref:P:*]) & [uniprot-DBxref:F:*]) > parent )) " В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (TAS/IDA) 3 "(((([uniprot-Organism:Saccharomyces*] & [uniprot-Organism:cerevisiae*]) | [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae*]) & (([uniprot-DBxref_:C:membrane*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*])) & (((((((((((([uniprot-DBxref_:TAS.*] | [uniprot-DBxref_:IDA.*]) ! [uniprot-DBxref_:IEA.*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS.*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI.*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA.*]) ! [uniprot-DBxref_:IC.*]) ! [uniprot-DBxref_:ND.*]) ! [uniprot-DBxref_:NR.*])) " В том числе только с самыми плохими доказательствами функции (IEA) 69 "(((([uniprot-Organism:Saccharomyces*] & [uniprot-Organism:cerevisiae*]) | [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae*]) & (([uniprot-DBxref_:C:membrane*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*])) & (((((((((((([uniprot-DBxref_:IEA.*] ! [uniprot-DBxref_:TAS.*]) ! [uniprot-DBxref_:IDA.*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS.*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI.*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA.*]) ! [uniprot-DBxref_:IC.*]) ! [uniprot-DBxref_:ND.*]) ! [uniprot-DBxref_:NR.*])) "